Тяжело сказать недуг ли это на первом месте. Как минимум может быть 3 варианта:
1) сочится чистая вода - тогда развёртывать боевые действия не стоит, именно для сбора чистой воды колодец и построен.
2) вода ржавая, стенки окрашиваются - значит вода с металлом выходит из грунта. Если замазать швы, то такая вода все равно попадёт в колодец. Щелочной баланс внутри и снаружи одинаков. Ну стоит отметить у такой воды нередко бывает специфический запах.
3) глиняный плывун - глина проникает в колодец и окрашивает стенки, тогда шов нужно заделать.